El año 1486 la Aljafería se convirtió en la sede del Tribunal de la Inquisición que se había empeñado en implantar en Aragón, quizás por evitarse las reprimendas de su mujer, el propio rey Fernando el Católico. Con este rey llegó a nuestras tierras el tribunal y sobre todo el poder de un personaje muy especial que el rey Católico consiguió convertir en –octubre de 1483- inquisidor general, a la vez que de Castilla, de los reinos de Aragón, Cataluña y Valencia. Con Torquemada llegó la inseguridad, el que todos pudieran ser apresados por la inquisición puesto que las denuncias son anónimas, puesto que los aragoneses ven cómo no les sirven para nada sus Fueros… Todo el mundo de la tranquilidad, el derecho foral, se hunden en estos tribunales de monjes dominicos que fueron el mejor negocio que pudieron poner en marcha los reyes, si tenemos en cuenta las enormes cantidades de dinero que reciben y las propiedades que al final caen en 
sus manos. Fernando el Católico y el fiero de Torquemada, delegaron para el reino aragonés las competencias de la inquisición –el 2 de mayo de 1484, aprovechando las Cortes de Tarazona- en el canónigo Pedro de Arbués que sería asesinado en la madrugada del 14 de noviembre de 1485, dentro de un importante complot de aragoneses que no veían con buenos ojos la implantación de la inquisición. Como consecuencia de todo ello, sucesivos autos de fe dieron buena cuenta de los responsables: «Nueve ejecutados, en persona, aparte de dos suicidios, trece quemados en estatua y cuatro castigados por complicidad», como nos contó Zurita. La inquisición entraba con sangre en Aragón y requisando propiedades para unos reyes que eran a los que mejor les venía este tribunal.